Hiện hành có 49 loài được ghi nhận trong chi này:

• Cyprinodon albivelis W. L. Minckley & R. R. Miller, 2002
• Cyprinodon alvarezi R. R. Miller, 1976 (Potosi pupfish)
• Cyprinodon arcuatus W. L. Minckley & R. R. Miller, 2002
• Cyprinodon artifrons C. L. Hubbs, 1936
• Cyprinodon atrorus R. R. Miller, 1968
• Cyprinodon beltrani Álvarez, 1949
• Cyprinodon bifasciatus R. R. Miller, 1968
• Cyprinodon bobmilleri Lozano-Vilano & Contreras-Balderas, 1999
• Cyprinodon bondi G. S. Myers, 1935
• Cyprinodon bovinus S. F. Baird & Girard, 1853
• Cyprinodon brontotheroides C. H. Martin & Wainwright, 2013
• Cyprinodon ceciliae Lozano-Vilano & Contreras-Balderas, 1993
• Cyprinodon dearborni Meek, 1909
• Cyprinodon desquamator C. H. Martin & Wainwright, 2013
• Cyprinodon diabolis Wales, 1930
• Cyprinodon elegans S. F. Baird & Girard, 1853
• Cyprinodon eremus R. R. Miller & Fuiman, 1987
• Cyprinodon esconditus Strecker, 2002
• Cyprinodon eximius Girard, 1859
• Cyprinodon fontinalis M. L. Smith & R. R. Miller, 1980
• Cyprinodon higuey C. M. Rodriguez & M. L. Smith, 1990
• Cyprinodon hubbsi Carr, 1936
• Cyprinodon inmemoriam Lozano-Vilano & Contreras-Balderas, 1993
• Cyprinodon julimes De la Maza-Benignos & Vela-Valladares, 2009
• Cyprinodon labiosus Humphries & R. R. Miller, 1981
• Cyprinodon laciniatus C. L. Hubbs & R. R. Miller, 1942
• Cyprinodon latifasciatus Garman, 1881
• Cyprinodon longidorsalis Lozano-Vilano & Contreras-Balderas, 1993
• Cyprinodon macrolepis R. R. Miller, 1976
• Cyprinodon macularius S. F. Baird & Girard, 1853
• Cyprinodon maya Humphries & R. R. Miller, 1981
• Cyprinodon meeki R. R. Miller, 1976
• Cyprinodon nazas R. R. Miller, 1976
• Cyprinodon nevadensis C. H. Eigenmann & R. S. Eigenmann, 1889
  • Cyprinodon nevadensis amargosae R. R. Miller, 1948
  • Cyprinodon nevadensis calidae R. R. Miller, 1948
  • Cyprinodon nevadensis mionectes R. R. Miller, 1948
  • Cyprinodon nevadensis nevadensis C. H. Eigenmann & R. S. Eigenmann, 1889
  • Cyprinodon nevadensis pectoralis R. R. Miller, 1948
  • Cyprinodon nevadensis shoshone R. R. Miller, 1948
• Cyprinodon nichollsi M. L. Smith, 1989
• Cyprinodon pachycephalus W. L. Minckley & C. O. Minckley, 1986
• Cyprinodon pecosensis A. A. Echelle & A. F. Echelle, 1978
• Cyprinodon pisteri R. R. Miller & W. L. Minckley, 2002
• Cyprinodon radiosus R. R. Miller, 1948
• Cyprinodon riverendi (Poey, 1860) (synonym: Cyprinodon jamaicensis, Fowler, 1939)
• Cyprinodon rubrofluviatilis Fowler, 1916
• Cyprinodon salinus R. R. Miller, 1943
  • Cyprinodon salinus milleri LaBounty & Deacon, 1972
  • Cyprinodon salinus salinus R. R. Miller, 1943 (Death Valley pupfish, Salt Creek pupfish)
• Cyprinodon salvadori Lozano-Vilano, 2002
• Cyprinodon simus Humphries & R. R. Miller, 1981
• Cyprinodon suavium Strecker, 2005
• Cyprinodon tularosa R. R. Miller & A. A. Echelle, 1975
• Cyprinodon variegatus (Lacépède, 1803)
  • Cyprinodon variegatus baconi Breder, 1932
  • Cyprinodon variegatus ovinus (Mitchill, 1815)
  • Cyprinodon variegatus variegatus (Lacépède, 1803)
• Cyprinodon verecundus Humphries, 1984
• Cyprinodon veronicae Lozano-Vilano & Contreras-Balderas, 1993